qPCR效率計算機
將qPCR標準曲線斜率換算為擴增效率及每個循環的擴增倍數。
計算qPCR效率
輸入以濃度對數為橫軸、Cq為縱軸的標準曲線負斜率。
關於qPCR擴增效率
定量PCR效率描述目標DNA在每個擴增循環中的累積程度。通常將Cq或Ct值相對於起始模板濃度的以10為底對數作圖,建立標準曲線來估算。本計算機依據稀釋倍數、循環差與擴增倍數之間的標準關係,將擬合直線的負斜率換算為效率百分比。斜率接近負3.322時,擴增倍數為二,效率約為100%,表示理想情況下目標量在每個循環都會加倍。
許多qPCR工作流程認為90%至110%的效率大致可接受,對應斜率約為負3.58至負3.10。但允收標準仍應遵循實驗室已驗證的方法、檢測目的、儀器指引及適用的報告規範。單憑效率不足以確認檢測可靠。標準曲線也應涵蓋工作濃度範圍、包含足夠的技術重複,並呈現良好線性,殘差不應顯示系統性彎曲。
效率不佳可能源於引子錯配、引子設計不良、二級結構、退火條件不理想、抑制物、稀釋不準確、移液誤差,或濃度範圍超出檢測的線性響應。效率高於110%通常表示非特異性擴增、引子二聚體、基線或閾值問題,或系列稀釋誤差,而非真正的超高效率複製。在接受數值結果前,應檢視擴增曲線,並在適用時檢視熔解曲線。
請使用與此處座標定義相同的迴歸斜率:縱軸為Cq,橫軸為起始量的log10。交換座標軸或使用自然對數所得到的斜率不適用於此公式。請保留擬合斜率足夠的有效位數,因為四捨五入可能改變報告的效率。輸出僅是數學換算,不能取代標準曲線相關性、重複間變異、無模板對照、動態範圍及檢測特異性的檢查。
qPCR效率範例
| 標準曲線斜率 | 效率 | 結果解讀 |
|---|---|---|
| -3.322 | 100.00% | 理想加倍 |
| -3.500 | 93.07% | 位於常用範圍內 |
| -3.100 | 110.09% | 接近上限 |
如何計算qPCR效率
- 製備系列稀釋樣品,並安排適當的重複進行qPCR檢測。
- 以起始量的以10為底對數為自變數,對Cq值進行迴歸。
- 輸入擬合得到的標準曲線負斜率,避免不必要的四捨五入。
- 選擇「計算qPCR效率」,查看效率與擴增倍數。
- 搭配線性、對照、重複間變異及檢測特異性解讀數值。
常見問題
什麼qPCR斜率對應100%的效率?
斜率約為負3.322時,擴增倍數為二,效率為100%。斜率四捨五入可能造成些微差異。
可接受的qPCR效率是多少?
常用的篩選範圍為90%至110%。實驗室應採用針對檢測方法、樣品類型及報告要求驗證過的標準。
為什麼斜率必須為負?
當Cq相對於起始量的log10作圖時,高濃度樣品較早跨越閾值,Cq值較低,因此擬合關係的斜率為負。
什麼原因會導致效率高於110%?
偏高的表觀效率可能反映稀釋誤差、抑制模式、非特異性產物、引子二聚體或錯誤的基線設定。解讀前請檢視原始擴增及品質管制資料。
是否包含標準曲線線性分析?
不包含。本計算機僅將斜率換算為效率與擴增倍數。請另外檢查迴歸擬合、殘差、重複一致性及已測試的動態範圍。