等電點計算機
根據胺基酸序列計算胜肽或蛋白質的等電點,並估算任意 pH 下的淨電荷。
計算 pI 與淨電荷
使用胺基酸單字母代碼,並選擇 0 至 14 之間的目標 pH。
關於等電點計算
等電點通常縮寫為 pI,是分子的平均淨電荷為零時的 pH。對胜肽與蛋白質而言,主要取決於可解離的胺基端、羧基端及側鏈。分子位於等電點時仍可能含有正電與負電基團,但其平均電荷互相抵銷。本計算機直接依胺基酸單字母序列估算此平衡。
電荷會隨 pH 連續變化。低 pH 時,質子化有利於形成帶正電的胺基,並抑制帶負電的羧酸根。高 pH 時,去質子化使正電荷減少、負電荷增加。亨德森–哈塞爾巴爾赫關係式可將各基團的 pKa 與所選 pH 換算為分數電荷。加總這些貢獻即可估算淨電荷,而不是把每個殘基強制當作完全帶電或完全不帶電。
本實作採用一組常見教學 pKa 值:胺基端 9.69、羧基端 2.34、天門冬胺酸 3.86、麩胺酸 4.25、組胺酸 6.00、半胱胺酸 8.33、酪胺酸 10.07、離胺酸 10.50、精胺酸 12.40。在 pH 0 至 14 之間以二分搜尋找出計算淨電荷通過零的位置,顯示結果四捨五入至小數點後兩位。
實驗測得的 pI 可能不同,因為殘基的局部環境會改變 pKa。鄰近電荷、溶劑暴露、氫鍵、蛋白質摺疊、雙硫鍵形成、末端修飾、磷酸化及其他轉譯後修飾都會產生影響。不同文獻的 pKa 表也會得到略有差異的預測。因此,序列推算的 pI 適合規劃與比較,但無法精確取代等電聚焦或其他實驗量測。
等電點會影響蛋白質溶解度、電泳遷移、純化、結晶與配方設計。蛋白質在等電點附近常有較低溶解度,因為靜電排斥最小。離子交換層析通常依相對於 pI 的位置選擇緩衝液 pH:低於 pI 時,蛋白質傾向淨帶正電;高於 pI 時,則傾向淨帶負電。指定 pH 下的計算電荷可協助初步選擇離子交換介質與緩衝液條件。
請僅輸入標準胺基酸字母,空格與大小寫會自動正規化。模型不處理含義不明的代碼及化學修飾。為正確解讀,應比較使用相同 pKa 慣例的預測,並以實驗驗證重要的實驗室決策。
等電點範例
| 序列 | 近似 pI | 說明 |
|---|---|---|
| K | 10.10 | 離胺酸側鏈使此短胜肽呈較強鹼性。 |
| D | 3.10 | 天門冬胺酸側鏈使此短胜肽呈酸性。 |
| GGGG | 6.02 | 沒有可解離側鏈時,電荷平衡由末端基團決定。 |
如何計算蛋白質 pI
- 使用標準胺基酸單字母代碼貼上胜肽或蛋白質序列。
- 輸入也想估算該序列淨電荷的 pH。
- 選擇「計算 pI 與電荷」,評估所有可解離基團。
- 將預測 pI 與電荷用作規劃估算,並透過實驗納入修飾影響。
等電點常見問題
蛋白質的 pI 代表什麼?
pI 是蛋白質平均淨電荷為零時的 pH。即使總電荷互相抵銷,正電與負電基團仍可存在。
為何預測與實測 pI 可能不同?
序列計算使用固定的參考 pKa 值。摺疊、溶劑暴露、鄰近殘基及化學修飾可能改變實際 pKa。
蛋白質在低於 pI 時帶正電嗎?
典型蛋白質在低於 pI 時平均淨帶正電。高於 pI 時,去質子化通常使其平均淨帶負電。
哪些殘基會影響蛋白質電荷?
本模型中,天門冬胺酸、麩胺酸、半胱胺酸、酪胺酸、組胺酸、離胺酸與精胺酸具有可解離側鏈。胺基端與羧基端也會貢獻電荷。
此計算機能模擬修飾蛋白質嗎?
不能。它僅評估標準胺基酸序列及游離末端。磷酸化、醯胺化或末端封閉等修飾需要專門模型。