等電點計算機

根據胺基酸序列計算胜肽或蛋白質的等電點,並估算任意 pH 下的淨電荷。

計算 pI 與淨電荷
使用胺基酸單字母代碼,並選擇 0 至 14 之間的目標 pH。

關於等電點計算

等電點通常縮寫為 pI,是分子的平均淨電荷為零時的 pH。對胜肽與蛋白質而言,主要取決於可解離的胺基端、羧基端及側鏈。分子位於等電點時仍可能含有正電與負電基團,但其平均電荷互相抵銷。本計算機直接依胺基酸單字母序列估算此平衡。 電荷會隨 pH 連續變化。低 pH 時,質子化有利於形成帶正電的胺基,並抑制帶負電的羧酸根。高 pH 時,去質子化使正電荷減少、負電荷增加。亨德森–哈塞爾巴爾赫關係式可將各基團的 pKa 與所選 pH 換算為分數電荷。加總這些貢獻即可估算淨電荷,而不是把每個殘基強制當作完全帶電或完全不帶電。 本實作採用一組常見教學 pKa 值:胺基端 9.69、羧基端 2.34、天門冬胺酸 3.86、麩胺酸 4.25、組胺酸 6.00、半胱胺酸 8.33、酪胺酸 10.07、離胺酸 10.50、精胺酸 12.40。在 pH 0 至 14 之間以二分搜尋找出計算淨電荷通過零的位置,顯示結果四捨五入至小數點後兩位。 實驗測得的 pI 可能不同,因為殘基的局部環境會改變 pKa。鄰近電荷、溶劑暴露、氫鍵、蛋白質摺疊、雙硫鍵形成、末端修飾、磷酸化及其他轉譯後修飾都會產生影響。不同文獻的 pKa 表也會得到略有差異的預測。因此,序列推算的 pI 適合規劃與比較,但無法精確取代等電聚焦或其他實驗量測。 等電點會影響蛋白質溶解度、電泳遷移、純化、結晶與配方設計。蛋白質在等電點附近常有較低溶解度,因為靜電排斥最小。離子交換層析通常依相對於 pI 的位置選擇緩衝液 pH:低於 pI 時,蛋白質傾向淨帶正電;高於 pI 時,則傾向淨帶負電。指定 pH 下的計算電荷可協助初步選擇離子交換介質與緩衝液條件。 請僅輸入標準胺基酸字母,空格與大小寫會自動正規化。模型不處理含義不明的代碼及化學修飾。為正確解讀,應比較使用相同 pKa 慣例的預測,並以實驗驗證重要的實驗室決策。

等電點範例

序列近似 pI說明
K10.10離胺酸側鏈使此短胜肽呈較強鹼性。
D3.10天門冬胺酸側鏈使此短胜肽呈酸性。
GGGG6.02沒有可解離側鏈時,電荷平衡由末端基團決定。

如何計算蛋白質 pI

  1. 使用標準胺基酸單字母代碼貼上胜肽或蛋白質序列。
  2. 輸入也想估算該序列淨電荷的 pH。
  3. 選擇「計算 pI 與電荷」,評估所有可解離基團。
  4. 將預測 pI 與電荷用作規劃估算,並透過實驗納入修飾影響。

等電點常見問題

蛋白質的 pI 代表什麼?

pI 是蛋白質平均淨電荷為零時的 pH。即使總電荷互相抵銷,正電與負電基團仍可存在。

為何預測與實測 pI 可能不同?

序列計算使用固定的參考 pKa 值。摺疊、溶劑暴露、鄰近殘基及化學修飾可能改變實際 pKa。

蛋白質在低於 pI 時帶正電嗎?

典型蛋白質在低於 pI 時平均淨帶正電。高於 pI 時,去質子化通常使其平均淨帶負電。

哪些殘基會影響蛋白質電荷?

本模型中,天門冬胺酸、麩胺酸、半胱胺酸、酪胺酸、組胺酸、離胺酸與精胺酸具有可解離側鏈。胺基端與羧基端也會貢獻電荷。

此計算機能模擬修飾蛋白質嗎?

不能。它僅評估標準胺基酸序列及游離末端。磷酸化、醯胺化或末端封閉等修飾需要專門模型。