Калькулятор молекулярной массы белка

Молекулярная масса белка — это сумма средних масс аминокислотных остатков в полипептидной цепи плюс масса одной молекулы воды, соответствующей концевым группам. Калькулятор принимает стандартные однобуквенные коды двадцати распространенных аминокислот, удаляет пробелы и дефисы и выводит оценку в дальтонах и килодальтонах. Один дальтон приблизительно равен массе одного атома водорода, а один килодальтон равен тысяче дальтон. Результат полезен для выбора условий электрофореза, проверки ожидаемой полосы на вестерн-блоте, планирования очистки или сравнения транслированной последовательности с известным белком. В расчете используются средние изотопные массы остатков, а не моноизотопные. Средняя масса обычно удобнее для целых белков и стандартных сравнений методом SDS-PAGE, поскольку макромолекула содержит естественную смесь изотопов. Моноизотопная масса, напротив, использует самый легкий распространенный изотоп каждого атома и часто предпочтительна для небольших пептидов, точно разрешаемых масс-спектрометрией. Из-за различий этих подходов значение калькулятора может не полностью совпадать с результатом программы, настроенной на моноизотопную массу. Одна последовательность не отражает всех химических вкладов в массу реального образца. Отщепление сигнального пептида, удаление инициирующего метионина, образование дисульфидных связей, гликозилирование, фосфорилирование, ацетилирование, связанные кофакторы, аффинные метки и другие посттрансляционные модификации могут изменять наблюдаемую массу. Оценка предполагает немодифицированный нейтральный полипептид со свободными амино- и карбоксильным концами. Каждая введенная буква считается одним включенным остатком, а для восстановления состава полной цепи добавляется одна молекула воды для концевых групп. Используйте результат как воспроизводимый теоретический ориентир, а не как гарантию подвижности или измеренной массы. Кажущийся размер в SDS-PAGE может отличаться из-за формы белка, заряда, связывания детергента, агрегации или необычного аминокислотного состава. При планировании эксперимента сравнивайте расчетное значение с реально экспрессируемой конструкцией, включая метки и линкеры, и отдельно учитывайте известный процессинг или ковалентные модификации.