Калькулятор числа копий ДНК

Расчет числа копий ДНК переводит измеренную массу в оценочное количество физических молекул. Это часто требуется в молекулярной биологии: приборы сообщают концентрацию или массу, а реакции зависят от числа молекул-матриц. Стандарты количественной ПЦР, планирование цифровой ПЦР, клонирование, библиотеки секвенирования, трансфекция и синтетические контроли могут использовать прозрачную оценку перехода от массы к молекулам. В расчете средняя молярная масса пары оснований двуцепочечной ДНК принимается равной 660 граммам на моль. Умножение длины фрагмента в парах оснований на 660 дает приблизительную молярную массу одной молекулы. Введенную массу переводят в граммы, делят на эту молекулярную массу для получения молей и умножают на точную постоянную Авогадро: 6.02214076 на десять в двадцать третьей степени. В этой модели десять нанограммов плазмиды длиной 5,000 пар оснований содержат около 1.825 миллиарда молекул. Длина обратно пропорциональна числу копий. При одинаковой массе ампликон длиной 1,000 пар оснований содержит в пять раз больше молекул, чем плазмида длиной 5,000 пар оснований: каждая молекула весит примерно одну пятую. Масса связана прямо: ее удвоение удваивает оценочное число копий. Вводимая длина должна соответствовать всей молекуле, которую считают. Для кольцевой плазмиды используйте общую длину вектора и вставки, а не только амплифицируемой мишени. Ответ является оценкой, поскольку 660 граммов на моль на пару оснований — среднее значение. Точная молекулярная масса немного зависит от последовательности, концов, модификаций и одноцепочечности материала. Калькулятор предназначен для двуцепочечной ДНК. Измерения концентрации также имеют неопределенность, а примеси могут завышать массу ДНК при измерении поглощения. Флуоресцентные методы могут улучшить специфичность; точное пипетирование и разведение особенно важны для низкокопийных стандартов. Чтобы перевести концентрацию в копии на микролитр, введите массу в одном микролитре. Например, при десяти нанограммах на микролитр введите десять нанограммов; результат будет числом копий на микролитр. Умножайте на объем реакции только если нужно общее число добавленных молекул. Готовьте стандарты с низкосорбционными расходными материалами, тщательным перемешиванием, подходящим носителем и повторными разведениями: при очень низких концентрациях важны адсорбция и ошибка пипетирования. Расчет дает надежную теоретическую отправную точку, но достоверность дальнейшего количественного анализа определяется экспериментальным контролем качества.