단백질 분자량 계산기
한 글자 아미노산 서열로 단백질 분자량을 달톤과 킬로달톤 단위로 추정합니다.
단백질 분자량 계산
20종 표준 아미노산의 한 글자 코드로 단백질 서열을 입력하세요.
단백질 분자량이란?
단백질 분자량은 폴리펩타이드 사슬에 포함된 아미노산 잔기의 평균 질량을 모두 더하고 양 말단에 해당하는 물 분자 하나의 질량을 더한 값입니다. 이 계산기는 일반적인 스무 가지 아미노산의 표준 한 글자 코드를 받아 공백과 하이픈을 제거한 뒤 달톤과 킬로달톤으로 추정값을 표시합니다. 달톤은 대략 수소 원자 하나의 질량이며, 킬로달톤은 천 달톤입니다. 전기영동 조건 선택, 웨스턴 블롯의 예상 밴드 확인, 정제 계획 또는 번역된 서열과 알려진 단백질의 비교에 유용합니다.
계산에는 단일동위원소 질량이 아니라 동위원소 존재비를 반영한 잔기의 평균 질량을 사용합니다. 거대분자는 천연 동위원소 혼합물을 포함하므로 온전한 단백질과 일반적인 SDS-PAGE 비교에는 평균 질량이 실용적입니다. 반면 단일동위원소 질량은 각 원자의 가장 가벼운 일반적 동위원소를 사용하며, 질량 분석에서 정밀하게 분해되는 작은 펩타이드에 자주 사용됩니다. 정의가 다르므로 이 계산기의 값은 단일동위원소 질량으로 설정된 소프트웨어와 정확히 일치하지 않을 수 있습니다.
서열만으로는 실제 시료에 대한 모든 화학적 기여를 설명할 수 없습니다. 신호 펩타이드 절단, 시작 메티오닌 제거, 이황화 결합 형성, 당화, 인산화, 아세틸화, 결합된 보조 인자, 친화성 태그 및 기타 번역 후 변형이 관측 질량을 바꿀 수 있습니다. 표시값은 유리 아미노 말단과 카복실 말단을 가진, 변형되지 않은 중성 폴리펩타이드를 가정합니다. 입력한 각 글자를 사슬에 포함된 잔기 하나로 취급하고, 완전한 사슬 조성을 복원하기 위해 말단의 물 분자 하나를 더합니다.
결과는 이동도나 실측 질량을 보장하는 값이 아니라 재현 가능한 이론적 기준으로 사용하세요. 단백질의 형태, 전하, 계면활성제 결합, 응집 또는 특이한 아미노산 조성 때문에 SDS-PAGE의 겉보기 크기가 달라질 수 있습니다. 실험을 계획할 때는 태그와 링커를 포함하여 실제 발현되는 구성체와 계산값을 비교하고, 알려진 가공 과정이나 공유 결합 변형을 별도로 고려하세요.
단백질 분자량 예시
| 서열 | 잔기 수 | 추정 분자량 |
|---|---|---|
| A | 1 | 89.09 Da |
| AC | 2 | 192.23 Da |
| ACDE | 4 | 436.44 Da |
단백질 분자량 계산 방법
- 한 글자 아미노산 표기법의 단백질 서열을 복사하세요.
- 단백질 서열 입력란에 붙여 넣으세요. 공백과 하이픈은 남겨도 됩니다.
- 분자량 계산을 선택하여 서열을 검증하고 잔기 질량을 합산하세요.
- 달톤과 킬로달톤으로 표시된 추정 질량을 읽고 잔기 수를 확인하세요.
자주 묻는 질문
단백질 분자량은 어떻게 계산하나요?
각 아미노산 잔기의 평균 분자 질량을 더한 뒤 양 말단에 해당하는 물 분자 하나를 더합니다. 이렇게 변형되지 않은 폴리펩타이드 사슬의 이론 질량을 구합니다.
실측 단백질 질량이 다른 이유는 무엇인가요?
가공 과정, 번역 후 변형, 태그, 보조 인자 또는 동위원소 질량 정의에 따라 실험 질량이 달라질 수 있습니다. 겔 이동도에 따른 겉보기 크기도 실제 분자 질량과 다를 수 있습니다.
세 글자 아미노산 코드를 사용할 수 있나요?
아니요. A, C, D, E 같은 표준 한 글자 아미노산 코드가 필요합니다. 공백과 하이픈은 무시되므로 서식이 있는 한 글자 서열도 붙여 넣을 수 있습니다.
Da와 kDa의 차이는 무엇인가요?
Da는 달톤으로, 여기에 표시되는 기본 분자 질량 단위입니다. kDa는 킬로달톤이며, 한 kDa는 천 Da입니다.
단백질 태그가 자동으로 포함되나요?
아니요. 입력한 서열의 잔기만 추정에 포함됩니다. 발현되는 융합 구성체의 질량이 필요하다면 전체 태그와 링커 서열을 추가하세요.