タンパク質分子量計算機

タンパク質の分子量は、ポリペプチド鎖を構成するアミノ酸残基の平均質量の合計に、末端に対応する水一分子の質量を加えたものです。この計算機は一般的な二十種類のアミノ酸の標準一文字コードを受け付け、空白とハイフンを除去し、推定値をダルトンとキロダルトンで表示します。一ダルトンは水素原子一個の質量にほぼ相当し、一キロダルトンは千ダルトンです。電気泳動条件の選定、ウエスタンブロットの予想バンドの確認、精製計画、翻訳配列と既知のタンパク質との比較に役立ちます。 計算にはモノアイソトピック質量ではなく、同位体の存在比を考慮した残基の平均質量を使用します。高分子には天然の同位体混合物が含まれるため、完全長タンパク質や通常の SDS-PAGE 比較では平均質量が実用的です。一方、モノアイソトピック質量は各原子の最も軽い一般的な同位体を使用し、質量分析で精密に分離できる小さなペプチドによく用いられます。定義が異なるため、この計算機の値はモノアイソトピック質量に設定したソフトウェアと完全には一致しない場合があります。 配列だけでは、実試料の質量に寄与するすべての化学的要因を表せません。シグナルペプチド切断、開始メチオニン除去、ジスルフィド結合形成、糖鎖付加、リン酸化、アセチル化、結合補因子、アフィニティータグ、その他の翻訳後修飾によって観測質量は変わります。表示値は、遊離アミノ末端とカルボキシ末端を持つ未修飾の中性ポリペプチドを仮定しています。入力された各文字を鎖に組み込まれた一残基とし、完全な鎖の組成に戻すため末端の水一分子を加えます。 結果は再現可能な理論的基準として使用し、泳動位置や実測質量を保証するものとは考えないでください。タンパク質の形状、電荷、界面活性剤の結合、凝集、特殊なアミノ酸組成により、SDS-PAGE の見かけの大きさが異なることがあります。実験計画では、タグやリンカーを含めて実際に発現するコンストラクトと計算値を比較し、既知のプロセシングや共有結合修飾は別途考慮してください。