DNA接合計算器

DNA接合利用DNA接合酶將載體與插入片段接在一起，但組裝是否成功取決於分子數，而非僅取決於質量。每奈克短插入片段所含分子數遠多於長載體。本計算器利用片段長度與選定的插入片段對載體莫耳比校正此差異：將載體質量乘以插入片段長度除以載體長度，再乘以目標比例，得到應與所輸入載體質量搭配的插入片段質量。 一般黏性末端選殖常以插入片段與載體三比一作為起始比例，讓插入片段分子有更多機會接觸線性化載體。平端接合、較難處理的插入片段或專用試劑組可能適合其他比例。一比一可供比較；較高比例有時能促進插入，卻也可能產生多重插入或非預期產物。應遵循接合酶供應商的操作流程及選殖方法的限制。 皮莫耳數估算採用雙股DNA每個鹼基對平均莫耳質量為650克每莫耳的假設。這些數值方便規劃，並非直接測量結果。片段濃度的準確度很重要，請使用合適的螢光或吸光度測定方法，並考慮鹽類、核苷酸與污染物的影響。確認片段長度包含實際參與接合的完整產物，而不只是目標編碼序列。 反應表現也受到末端相容性、磷酸化、載體去磷酸化、DNA純度、緩衝液新鮮度、ATP、接合酶活性、溫度及反應時間影響。排除問題時，應設置適當的陽性、僅載體及無接合酶對照。計算用量可協助建立化學計量關係，但無法預測轉形效率或菌落品質。若總DNA量超出試劑組建議值，應等比例調整兩種成分，維持莫耳比。對珍貴樣本，可平行測試兩到三個相近比例，比較已確認的重組菌落，而非只看菌落數。