DNA 연결 계산기

DNA 연결은 DNA 연결효소로 벡터와 삽입체를 잇는 과정이지만, 조립의 성공 여부는 질량만이 아니라 분자 수에 달려 있습니다. 짧은 삽입체는 긴 벡터보다 나노그램당 분자 수가 훨씬 많습니다. 이 계산기는 절편 길이와 선택한 삽입체 대 벡터 몰비로 그 차이를 보정합니다. 벡터 질량에 삽입체 길이를 벡터 길이로 나눈 값을 곱하고 목표 비율을 곱하면, 입력한 벡터 질량에 함께 넣을 삽입체 질량이 나옵니다. 일반적인 점착성 말단 클로닝에서는 삽입체 대 벡터를 삼 대 일로 시작하는 경우가 많습니다. 삽입체 분자가 열린 벡터 분자를 만날 기회가 늘어나기 때문입니다. 평활 말단 연결, 다루기 어려운 삽입체, 특수 키트는 다른 비율이 더 적합할 수 있습니다. 일 대 일은 비교에 유용하며, 비율을 높이면 삽입이 개선되기도 하지만 다중 삽입이나 원치 않는 산물이 생길 수도 있습니다. 연결효소 공급사의 프로토콜과 클로닝 방법의 제약을 따라야 합니다. 피코몰 추정치는 이중 가닥 DNA의 염기쌍당 평균 몰 질량을650그램/몰로 가정합니다. 반응 설계에 편리한 값이지 직접 측정값은 아닙니다. 정확한 절편 농도가 중요하므로 적절한 형광 또는 흡광 측정법을 사용하고 염, 뉴클레오타이드, 오염물의 영향을 고려하세요. 길이는 목표 코딩 서열만이 아니라 실제로 연결되는 산물 전체를 포함해야 합니다. 반응 성능은 말단 호환성, 인산화, 벡터 탈인산화, DNA 순도, 완충액의 신선도, ATP, 연결효소 활성, 온도, 반응 시간에도 좌우됩니다. 문제를 해결할 때는 적절한 양성 대조군, 벡터만 넣은 대조군, 연결효소를 넣지 않은 대조군을 포함하세요. 계산량은 화학양론 설정에 도움이 되지만 형질전환 효율이나 콜로니 품질을 예측하지는 못합니다. 총 DNA가 키트 권장량을 넘으면 몰비를 유지하면서 두 성분을 함께 줄이세요. 귀중한 시료는 인접한 두세 가지 비율을 병렬로 시험하고, 콜로니 수만이 아닌 확인된 재조합 콜로니를 비교하는 것이 좋습니다.