qPCR効率計算機

定量PCRの効率は、各増幅サイクルで標的DNAがどれだけ増えるかを表します。通常、初期鋳型濃度の底10の対数に対してCq値またはCt値をプロットした標準曲線から推定します。この計算機は、希釈、サイクル差、増幅倍率の標準的な関係を用い、近似直線の負の傾きを効率の百分率に換算します。傾きがマイナス3.322付近なら倍率は二、効率は約100%となり、理想的には各サイクルで標的量が倍増します。 多くのqPCR手順では90%〜110%の効率をおおむね許容範囲とし、傾きでは約マイナス3.58〜マイナス3.10に相当します。ただし、合否基準は検証済みの実験室手法、測定目的、装置の指針、適用される報告基準に従う必要があります。効率だけでは測定の信頼性は保証できません。標準曲線は使用濃度範囲を網羅し、十分な技術的反復を含み、残差に系統的な湾曲がない良好な直線性を示すことも必要です。 効率の低下は、プライマーのミスマッチや設計不良、二次構造、不適切なアニーリング条件、阻害物質、不正確な希釈、ピペッティング誤差、測定の直線応答範囲を超える濃度によって生じます。110%を超える効率は、真の超高効率な複製ではなく、非特異的増幅、プライマーダイマー、ベースラインや閾値の問題、希釈系列の誤りを示すことがよくあります。数値を採用する前に増幅曲線を確認し、該当する場合は融解曲線も確認してください。 回帰の傾きは、ここで想定する軸配置と一致したものを使用してください。縦軸はCq、横軸は初期量のlog10です。軸を逆にした場合や自然対数を使用した場合の傾きは、この式に適合しません。丸めによって報告される効率が変わるため、近似した傾きの有効桁数を十分に保持してください。出力は数学的な換算であり、標準曲線の相関、反復間のばらつき、鋳型なし対照、ダイナミックレンジ、測定特異性の確認に代わるものではありません。