DNAコピー数計算ツール

DNAコピー数の計算は、測定した質量を物理的な分子数の推定値に換算します。機器は濃度や質量を報告する一方、反応は存在する鋳型分子数に左右されるため、分子生物学の作業ではこの換算がよく必要になります。定量PCR標準試料、デジタルPCRの計画、クローニング、シーケンシングライブラリー、トランスフェクション、合成対照試料などで、根拠の明確な質量から分子数への推定が役立ちます。 計算では二本鎖DNAの一塩基対の平均モル質量を660グラム毎モルとします。塩基対で表した断片長に660を掛けると、一つのDNA分子のおおよそのモル質量になります。入力質量をグラムに変換し、その分子量で割ってモル数を求め、正確なアボガドロ定数である6.02214076掛ける十の二十三乗を掛けます。このモデルでは、5,000塩基対のプラスミド十ナノグラムに約1.825十億個の分子が含まれます。 長さとコピー数は反比例します。同じ質量なら、1,000塩基対のアンプリコンは5,000塩基対のプラスミドの五倍の分子数です。一分子の質量がおよそ五分の一だからです。質量とは正比例し、質量が倍なら推定コピー数も倍になります。入力長は数えたい分子全体を表す必要があります。環状プラスミドは増幅標的だけでなく、ベクターと挿入断片を含む全長を使ってください。 一塩基対当たり660グラム毎モルは平均なので、結果は推定値です。正確な分子量は配列、末端、修飾、一本鎖かどうかによって少し変わります。この計算は二本鎖DNA用です。濃度測定にも不確かさがあり、夾雑物によって吸光度法がDNA質量を過大評価することがあります。蛍光法は特異性を高める場合がありますが、低コピー標準試料の調製には正確な分注と希釈操作が欠かせません。 濃度を一マイクロリットル当たりのコピー数にするには、一マイクロリットル中の質量を入力します。例えば十ナノグラム毎マイクロリットルなら十ナノグラムを入力し、出力を一マイクロリットル当たりのコピー数として扱います。添加する総分子数が必要なときだけ反応体積を掛けます。極低濃度では吸着や分注誤差が重要になるため、低吸着の消耗品、十分な混合、適切なキャリア、反復した希釈調製を用いてください。計算値は理論的な出発点であり、その後の定量の信頼性は実験の品質管理で決まります。