Calculateur du nombre de copies d'ADN

Le calcul du nombre de copies d'ADN convertit une masse mesurée en nombre estimé de molécules physiques. Cette conversion est courante en biologie moléculaire : les instruments indiquent une concentration ou une masse, alors que les réactions dépendent du nombre de molécules matrices. Étalons de PCR quantitative, planification de PCR numérique, clonage, banques de séquençage, expériences de transfection et témoins synthétiques peuvent bénéficier d'une estimation transparente de la masse aux molécules. Le calcul attribue à une paire de bases d'ADN double brin une masse molaire moyenne de 660 grammes par mole. La longueur en paires de bases multipliée par 660 donne la masse molaire approximative d'une molécule. La masse saisie est convertie en grammes, divisée par cette masse moléculaire pour obtenir les moles, puis multipliée par la constante exacte d'Avogadro, 6.02214076 fois dix puissance vingt-trois. Selon ce modèle, dix nanogrammes d'un plasmide de 5,000 paires de bases contiennent environ 1.825 milliard de molécules. La longueur est inversement proportionnelle au nombre de copies. À masse égale, un amplicon de 1,000 paires de bases contient cinq fois plus de molécules qu'un plasmide de 5,000 paires de bases, chaque molécule pesant environ un cinquième. La masse agit directement : la doubler double les copies estimées. La longueur saisie doit correspondre à la molécule entière comptée. Pour un plasmide circulaire, utilisez la longueur totale du vecteur et de l'insert, pas seulement celle de la cible amplifiée. Le résultat reste estimatif, car 660 grammes par mole et par paire de bases est une moyenne. La masse moléculaire exacte varie légèrement avec la séquence, les extrémités, les modifications et le caractère simple brin éventuel. Ce calculateur est destiné à l'ADN double brin. Les mesures de concentration comportent aussi une incertitude ; des contaminants peuvent faire surestimer la masse par absorbance. Les dosages fluorescents peuvent améliorer la spécificité, tandis qu'un pipetage et des dilutions précis sont essentiels pour les étalons à faible nombre de copies. Pour convertir une concentration en copies par microlitre, saisissez la masse présente dans un microlitre. Par exemple, dix nanogrammes par microlitre correspondent à une saisie de dix nanogrammes ; le résultat est alors en copies par microlitre. Multipliez par le volume de réaction seulement pour obtenir le total des molécules ajoutées. Préparez les étalons avec des consommables à faible adsorption, un mélange soigneux, un support approprié et des dilutions répétées, car adsorption et erreurs de pipetage comptent aux très faibles concentrations. La valeur calculée est un point de départ théorique solide, mais le contrôle qualité expérimental détermine la fiabilité de la quantification ultérieure.