Calculadora de peso molecular de proteínas

El peso molecular de una proteína es la suma de las masas medias de los residuos de aminoácidos de una cadena polipeptídica más la masa de una molécula de agua correspondiente a los extremos. Esta calculadora acepta los códigos estándar de una letra de los veinte aminoácidos comunes, elimina espacios y guiones y muestra la estimación en daltons y kilodaltons. Un dalton equivale aproximadamente a la masa de un átomo de hidrógeno, y un kilodalton equivale a mil daltons. El resultado sirve para elegir condiciones de electroforesis, comprobar una banda esperada en un western blot, planificar una purificación o comparar una secuencia traducida con una proteína conocida. El cálculo utiliza masas isotópicas medias de los residuos, no masas monoisotópicas. La masa media suele ser la opción práctica para proteínas intactas y comparaciones rutinarias de SDS-PAGE, porque una macromolécula contiene una mezcla natural de isótopos. La masa monoisotópica utiliza el isótopo común más ligero de cada átomo y suele preferirse para péptidos pequeños resueltos con precisión mediante espectrometría de masas. Como estas convenciones difieren, el valor de esta calculadora puede no coincidir exactamente con el de un programa configurado para masa monoisotópica. La secuencia por sí sola no describe todas las contribuciones químicas de una muestra real. La escisión del péptido señal, la eliminación de la metionina inicial, la formación de puentes disulfuro, la glicosilación, la fosforilación, la acetilación, los cofactores unidos, las etiquetas de afinidad y otras modificaciones postraduccionales pueden cambiar la masa observada. La estimación supone un polipéptido neutro, sin modificar, con extremos amino y carboxilo libres. Cada letra introducida se trata como un residuo incorporado y se añade una molécula de agua terminal para restituir la composición de la cadena completa. Usa el resultado como referencia teórica reproducible, no como garantía de migración o masa medida. El tamaño aparente en SDS-PAGE puede variar por la forma de la proteína, su carga, la unión al detergente, la agregación o una composición inusual de aminoácidos. Para planificar experimentos, compara el valor con el constructo que realmente se expresa, incluidas las etiquetas y los enlazadores, y considera por separado cualquier procesamiento o modificación covalente conocidos.